Działalność naukowa od wielu lat koncentrowała się wokół tematyki patologii chorób przewodu pokarmowego, w szczególności raka jelita grubego, raka żołądka i raka trzustki, jednak w ciągu ostatniej dekady zakres naszych zainteresowań rozszerzył się znacznie. Ważną i dynamicznie rozwijającą się dziedziną jest hematopatologia. Prowadzone są  badania nad chorobami układu nerwowego, kłębuszkowymi zapaleniami nerek, chorobami gruczołów wewnętrznego wydzielania nowotworami dróg moczowych, zmianami barwnikowymi skóry. W ramach tej tematyki pracownicy Katedry są autorami i współautorami licznych prac naukowych w periodykach polskich i międzynarodowych.

Pracownicy Katedry wchodzą w skład zespołu redakcyjnego Polish Journal of Pathology.

Katedry są w składzie  komitetu organizacyjnego i naukowego Academy of Immunohistochemistry: https://ihc-academy.cm-uj.krakow.pl/